Империя Альянса захватывает и устанавливает контроль над родным миром Вортигонтов (который мы никогда не видели), пытаясь поработить их и их лидера Нихиланта. Ведётся длительная ожесточённая борьба, Вортигонты пытаются воевать и укрыться от сил Альянса, перемещаясь с планеты на планету. В конце концов они оказываются в пограничном мире Зен, где их ждёт гибель. Зен - что-то вроде "станции метро" во Вселенной, с помощью которой можно перемещаться в другие измерения. Marc Laidlaw называет этот мир "узким местом для перемещения в другие измерения - зоной непрерывного напряжения".

(Замечание по поводу Зен: Marc Laidlaw ранее отмечал, что "ничто на Зен не исконно", а это подразумевает, что жизнь на Зен - мешанина из существ со всей Вселенной, которых по желанию или нет перенесли сюда. Я буду называть существ из Зен "Зенианцами", которые будут включать хедкрабов, муравьиных львов, Вортигонтов и других представителей расы Нихиланта и т.д.)

Альянс пытается смешать доминирующие виды планеты  (В случае Зен это Вортигонты) с собственной технологией, чтобы создать "Сверх Солдата", который адаптирован к среде Зен и использует мощную технологию Альянса. (Это же они пытаются сделать и на Земле). Нихилант и его народ ведёт ожесточённую борьбу с Альянсом.

В это время на Земле Гордон пишет докторскую диссертацию в MIT. В Чёрной Мезе в Нью-Мексико проводятся эксперименты телепортации. Под контролем исследователей Илая Вэнса и доктора Кляйнера из Зен извлекаются кристаллы и исследуются организмы. Разработки продолжаются.

Главный конкурент Чёрной Мезы в борьбе за правительственное финансирование, Aperture Science, параллельно с Чёрной Мезой разрабатывает собственную портальную технологию, благодаря большому количеству научно-исследовательских лабораторий и центров разработок, включая Борей, исследовательское судно. Однажды, после, как кажется, серьёзного происшествия, Борей полностью исчезает с лица Земли, забирая всех пассажиров и команду с собой. GLaDOS, программа искусственного интеллекта Aperture Sciense впервые приводится в действие в одном из центров разработок.

Они ждут тебя, Гордон, в испытательной комнате.

(i) GMan разыгрывает Каскадный Резонанс, "GMan", очень загадочная личность в Чёрной Мезе, чьи мотивы кажутся независимыми и от человечества и от Альянса, запускает Каскадный Резонанс в секторе аномальных материалов комплекса Чёрная Меза, выбрав специфический образец кристалла для теста. Его выбор этого опасного материала замаскирован системным сбоем, чтобы формально оставить учёных без связи.  Каскадный Резонанс разрывает пространство время и формирует портал между Землёй и Зен. Раса Нихиланта видит в образовавшемся портале - путь к отступлению. Конечно, хэдкрабы и другая живность из Зен решают прокатиться до Земли ради развлечения. GMan готовит тактические силы для разрешения вопроса с главным порталом, а также готовит американских солдат к борьбе с пришельцами. В Чёрной Мезе становится жарко, когда Боевое Подразделение по борьбе с Опасными Условиями среды, Специальный Отдел Сил Морской Пехоты Соединённых Штатов появляется для подавления результатов Каскадного Резонанса, уничтожая всех людей, попадающих под перекрёстный огонь.

Каскадный Резонанс приобретает такой серьёзный характер, что Империя Альянса замечает его, обращая свой интерес к тому, что происходит на Земле.

GMan во время инцидента проявляет огромный интерес к одному человеку в защитном костюме HEV. Гордон Фримен, недавно принятый на работу учёный из лаборатории аномальных материалов, демонстрирует исключительные навыки в борьбе с пехотой Зен и американскими войсками. Пик интереса GMan'а к Фримену приходится на тот момент, когда Фримен направляется в Зен (Зенианцы уверены, что Гордон такой же враг, как и Альянс) и побеждает Нихиланта. GMan под впечатлением.

В итоге Чёрная Меза уничтожена ядерным взрывом (отмечено в OF). Выживают несколько человек, включая Уолласа Брина, бывшего администратора Чёрной Мезы; Барни Колхаун, охранник из службы безопасности; Илай Вэнс и, конечно же, Аликс Вэнс, дочь Илая. В частности, Аликс  заинтересовывает GMan'а.

(ii) Гордона наняли - В конце Half-Life GMan, впечатлённый вашей работой, предлагает Гордону выбор: смерть (а точнее битва, в которой он не сможет победить - прим перев.) или работа на GMan'а. Half-Life 2 предполагает, что он предпочёл смерти жизнь. После того, как вы выбрали работу на GMan'а, он помещает вас в медленный портал (т.е. вас поместили в стазис) чтобы вызвать, когда вы понадобитесь.

К сожалению, несмотря на уничтожение Чёрной Мезы, Земле всё ещё предстояло испытать всю тяжесть катастрофы. "Портальные Штормы" - побочный эффект Каскадного Резонанса сформировал трещину между измерениями Зен и Земли. Пришельцы (из Зен) всех видов телепортируются повсеместно. Хэдкрабы проползают по вентиляции в продуктовых магазинах, пока другие телепортируются в бассейны и дома. Землю наполняет полный хаос. Освобождённые Вортигонты бегут на Землю от Альянса.

Происходит полномасштабное переселение, люди перемещаются в города, защищённые солдатами и заборами из колючей проволоки, чтобы укрыться от монстров. Ощущение безопасности возвращается к людям Земли, они опять имеют шанс жить нормальной жизнью внутри городов, пока различные виды пришельцев продолжают наводнять внешний мир. Обширные сети гнёзд муравьиных львов формируются в Земной Коре, давая жизнь миллионам новых особей.

Альянс, который приглядывал за Землёй с начала Каскадного Резонанса, наконец, принимает решение действовать. Они планируют превратить Портальные Штормы в своё преимущество и использовать их для вторжения на Землю. Теперь, когда раса Нихиланта убежала из пограничного мира на Землю, Альянс может забыть о Зен и поработить обе расы - человечество и Зенианцев за раз, на Земле.

Расширив пространство-время и портальные штормы, Альянс начинает многоступенчатый полномасштабный захват Земли, телепортируя войска, десантные корабли, военные корабли и страйдеров со своих внешних баз через Портальные Штормы на Землю. Оказавшись там, Альянс применяет на людях ту же тактику, что и на Зен, строя суперармию, комбинируя ДНК преобладающего вида на Земле (людей) со своими технологиями.

Главная Цитадель возведена в Сити 17. Это огромное сооружение - управляющий центр Альянса на Земле. Армии Альянса создаются здесь, как впрочем техника и вооружение. Присутствие Альянса устанавливается и в других городах мира. (Намекается, что могут быть другие, вторичные Цитадели в мире, связанные в сеть.

Борясь друг с другом, люди и Альянс опасаются расы Нихиланта. Освобождённые Вортигонты присоединяются к силам восстания, желая реванша над Альянсом. Хэдкрабы, будучи хэдкрабами, просто нападают на каждого, кого смогут отыскать. Другие монстры нападают и на людей и на Альянс.

Следующий этап плана Альянса вступает в силу. Уоллас Брин, до сих пор оптимистично настроенный, относительно слияния с Альянсом, становится Администратором Земли, как ему и пообещали в Чёрной Мезе представители Альянса. Брин преподносит Землю Альянсу на блюдечке, объясняя это тем, что Альянс пришёл с миром, чтобы даровать человечеству бессмертие. Даже несмотря на трупы людей, он верит в то, что человеческие жертвы оправданы переходным периодом, когда Земля присоединяется к Универсальному Союзу. Брин формально "сдаёт" Землю после 7 часов битвы между человечеством и Альянсом. Брин, будучи человеком, помогает Альянсу. Он - лидер специфического вида, и это помогает ему пропагандировать ложь, что якобы порабощение человечества это положительный шаг вперёд, и людей легче принудить к новым условиям жизни.

Большая часть населения городов Земли уничтожена. Люди переезжают за город, чтобы не быть схваченными Альянсом. Небольшие группы повстанцев появляются, но им нужно установить базы на небезопасной территории, где обосновалась живность Зен, находя лазейки в экосистеме Земли. Находясь под влиянием Альянса и, игнорируя массовый геноцид, Брин смотрит на организующиеся силы восстания, как на кратковременную проблему.

Оставшиеся населённые пункты названы Сити 1, Сити 2... Сити 17, Сити 27, и т.д. и помещены под контроль Альянса, который серьёзно обосновался на Земле. Штаб-квартира Объединённых Наций в Нью-Йорке уничтожены [ скриншот из лаборатории Илая ]

Тем временем, учёные эвакуировали свои ресурсы в Aperture Science, включая главный центр разработок. Происходят события Portal. ¹ "Ручное Портальное Устройство Aperture Science" случайно попадает в чужие руки, однако последствия пока не ясны.

Уоллас Брин поселяется на верхнем этаже Цитадели в Сити 17, пытаясь подавить мятежников. Он пытается успокоить человечество, постоянно обращаясь к людям. Брин делает это, контролируя СМИ. Огромные телевизионные экраны устанавливаются в городских центрах. Газеты, телевидение и другие средства связи проходят цензуру и их содержание находится под контролем.

Сообщения Брина просты: люди не должны пытаться каким-либо образом вызывать трения в переходный период, в силу того, что человечество присоединяется к Альянсу. Он считает, для того, чтобы вступить в Универсальный Союз, человечеству придётся жертвовать, но цель оправдает средство. Он поистине верит, что присоединение к Альянсу обернётся положительной стороной для людей, и пытается привить остальным свою точку зрения. После Портальных Штормов, люди в такой дезориентации, что могут поверить ему.

Управляя при помощи страха, Патруль гарантированно защищает человеческие городские центры от внешних пришельцев и, таким образом, напуганные люди продолжают жить без страха за свои семьи и жизни. Начало грубого правления Патруля.

Предложение Альянса Брину также простое. Его цель теперь - подготовить Землю для Альянса. Его работа - истребить любую силу сопротивления Альянсу. Используя контролируемые налёты и силу "гражданской обороны", Брин ловит и превращает любых членов противостояния в сталкеров [определение в секции Дополнительная информация], людей-рабов. Дополнительно, Патруль пытается вновь поработить Вортигонтов, с переменным успехом. Конечная цель Альянса - превратить всё человечество в сталкеров, а всех Вортигонтов в рабов, кем они были до того, как Гордон освободил их. Лучшие умы переводятся в Нова Проспект, где они содержатся в изоляции и где над ними проводятся эксперименты - Альянс хочет получить от человечества максимум знаний, перед тем, как уничтожить его.

Правитель Альянса ставит переходные задачи выше и вне власти Брина. В первую очередь, Патруль создаёт Поле Подавления, чтобы предотвратить размножение людей (внимание на деталях не заостряется). Так что новые люди не рождаются, и оставшееся на Земле поколение будет последним. Они также подмешивают в воду что-то биохимическое, чтобы заставить людей постепенно забыть прошлое, и так они смогут легче подчиниться Брину и Альянсу, просто забыв, за что они их ненавидят. Наконец, Альянс начинает осушать океаны Земли. Эти задачи показывают, что Альянс готовит Землю для новых поселенцев.

(iv) Сформировано Подразделение Гражданской Обороны Альянса - Смотри Дополнительную информацию

Восстание человечества - это первая официальная миссия Гордона, и его вторая миссия под присмотром GMan'а. Гордон выведен GMan'ом из медленного портала для своей должности. Как только Гордон появляется, Уоллас Брин делает его поимку или смерть важнейшей целью для офицеров Патруля Альянса.

Гордон продолжает проскальзывать у Альянса между пальцев и в Нова Проспект наносит сильнейший удар по силам врага. Это разжигает огонь массового восстания среди гражданских, которые ещё активнее, чем раньше начинают борьбу. Хаос охватывает Сити 17, когда Уоллас Брин и Патруль Альянса пытаются подавить распространяющуюся революцию; Цитадель приведена в полную боевую готовность, солдаты Альянса наводняют улицы. Беженцы из Зен, Вортигонты, присоединяются к сопротивлению, так как видят в Альянсе бóльшую угрозу. GMan наблюдает за работой Гордона, помогая ему, где необходимо.

В конце HL2 вы завершаете свою работу, дестабилизируя Цитадель в Сити 17, трон Альянса на Земле. Как результат - сеть связи Альянса была выведена из строя и силы Альянса оказались разрозненными и лишены командования.

GMan помещает Гордона обратно в стазис. Он теперь в гиперсне и более не нужен, так как завершил свою работу и более не нужен. GMan собирается появиться и переместить Аликс, но его опережает группа Вортигонтов. Они появляются, спасают Аликс и перемещают её за пределы Цитадели. Они выводят Гордона из стазиса и переносят его к Аликс. Обе эти вещи совершаются против воли GMan'а. Вортигонты в действительности взяли Гордона на себя, препятствуя вмешательству GMan'а в приключения Гордона. GMan прибегает к тому, что любезно просит Гордона защитить Аликс, а Вортигонты перестают охранять, вплоть до спасения её жизни в Episode 2.

Альянс на Земле потерял основной способ связи со своими лидерами. Приложив последние усилия, они решают уничтожить Цитадель, чтобы создать высокоэнергетический "суперпортал". В дополнение к созданию суперпортала, Альянсу нужно отправить информацию в родной мир с деталями о ситуации и запросе подкрепления. Это должно привести к смерти всех сил Сопротивления и эвакуировавшихся из города. Альянс в это же время также готовит оставшиеся силы к побегу с помощью спасательных кораблей.

Почему Вортигонты выводят Гордона из гиперсна и телепортируют его из цитадели? Я верю, они хотят, чтобы Гордон остановил или хотя бы отсрочил уничтожение Цитадели. Они хотят, чтобы Гордон стабилизировал ядро реактора Цитадели, чтобы силы восстания и оставшиеся Вортигонты могли безопасно эвакуироваться из города до того, как он будет уничтожен.

Почему GMan не хочет, чтобы они сделали это? На сколько мы видим, GMan хочет, чтобы реактор был уничтожен как можно раньше и этот пакет информации был послан любой ценой. Почему? Потому что, видимо, GMan делает всё, чтобы заманить оставшиеся силы Альянса к Земле. Кажется, что это было планом GMan'а с самого начала - причина, по которой он хотел, чтобы Гордон уничтожил Цитадель. Цель - заманить оставшиеся силы Альянса к Земле, так чтобы с ними можно было сражаться на Земле, или чтобы GMan мог отвлечь Альянс, пока сам готовит нападение на родину Альянса.  То, как себе это видит GMan - сотни тысяч человеческих и вортигонтских жизней будут потеряны, при уничтожении Сити 17, но если это послание будет отправлено, GMan мог бы выиграть в межгалактической войне. С другой стороны, пурпурные Вортигонты заботятся больше о жизнях членов Противостояния и гражданах Сити 17 на земле, чем о победе в войне.

К сожалению для GMan'а, Гордону и Аликс удаётся стабилизировать ядро (по крайней мере, на пару часов), чтобы дать силам сопротивления эвакуироваться. Хотя, в конце, это даёт Альянсу достаточно времени, чтобы отправить сообщение, как, впрочем и эвакуировать свои спасательные корабли из Цитадели и покинуть Сити 17 под оглушающий грохот высвобождаемой портальной энергии. Эти спасательные корабли наводняют всё небо, окружая остатки Сити 17. В результате огромный суперпортал теперь действует и ожидает открытия ворот в другом измерении со стороны Альянса.

Аликс и Гордону удаётся перехватить два пакета информации из Цитадели. В первом содержатся точные координаты и инструкции для превращения суперпортала во врата для отправки войск. Второй пакет более интругющий - точные координаты и чертежи, изображающие местонахождение грузового судна Борей. На его борту содержится портальная технология значительно превосходящая аналог Чёрной Мезы.

Несмотря на поддержку и массированную атаку, осуществляемую из-за переданного Альянсом сигнала, силам сопротивления удаётся запустить ракету, которая в сочетании со спутниками, запущенными 20 годами ранее, во время Каскадного Резонанса, способна захлопнуть суперпортал. Альянс на время остаётся в безвыходном положении. Однако Гордон, Аликс и Илай с сожалением узнают, что вылупляющие Советники Альянса всё ещё летают по окрестностям и питаются теми, кто пытается убить их.

Что случится далее, мы, конечно же, узнаем в Episode 3.

Так кто же такой GMan? Посетите секцию Дополнительная информация.